日版和國版敘事結構差異很大，日版7.5分，國版8.5分以上。日版把荊軻登場放在片頭，導致嫪毐和呂不韋的故事成為旁支顯得冗余，多出一些表現人物滑稽莫名可笑的地方，沖突激于情感表現缺少敘事鋪墊。 國版則分出明確5個章節，秦王、刺客、孩子們、趙夫人、刺客與秦王，結構變得清晰，補充或者替換的情節使敘事更為流暢，盲女周迅的黑白閃回畫面多次出現，始終纏繞荊軻的夢魘。呂不韋和嫪毐之間的對仗關系充分體現，使得“孩子們”成為情感轉折最有力的推動力，各個人物形象都更加飽滿。 國版最精彩的變動在結尾，是嬴政自己問出那句“秦王嬴政，你忘了一統天下的大愿了嗎？”。